A Assessoria de Esporte de Rendimento trabalha com o planejamento, a coordenação e o desenvolvimento das equipes organizadas para representar a cidade nas competições estaduais, nacionais e até internacionais, seguindo a formatação adotada pelo esporte nacional. Atualmente a FME Itajaí mantém 85 equipes inscritas nas competições da Fesporte, sendo 35 equipes nos Jogos Abertos de Santa Catarina (JASC), 26 equipes nos Joguinhos Abertos de Santa Catarina e 24 equipes na Olimpíada Estudantil Catarinense (OLESC). Compete a Assessoria coordenar tecnicamente e assistir financeiramente às modalidades que participam das competições oficiais, reconhecidas pelas federações e confederações.
